你的治疗师可能缺乏关于有效技巧的技能、经验和教育
你不能想当然地认为，仅仅因为治疗师说他们擅长CBT，就不能自动地使他们成为对你来说好的或有效的治疗师。这里的重点不在于方法，而在于治疗师的技能。要经常检查你的治疗师的资质，不要害怕询问有关他们的培训和经验的问题。
有时，认知行为疗法强调治疗技术而不是治疗师和病人之间的关系
有效的CBT的障碍之一是，一些治疗师会反复推敲病人的不正常想法，却很少注意到这是一个受情绪、社会互动和生物学影响的多维度的人。
CBT促进的假设可能是错误的
CBT向人们灌输这样一种观念，即你错误或非理性的思维模式是导致不良行为和心理健康问题的原因。如果一个人接受这个前提，那么一些从业者可能会忽略其他因素，如遗传和生物学在精神疾病中起作用。此外，CBT经常建议改变思维模式。
CBT可能没有给你足够的时间来实现你的目标
保险公司喜欢CBT，因为它被普遍认为是简单的治疗。在某些情况下，认知行为治疗可能被限制在6到12个疗程。一个患有早期创伤，当前社会压力和情绪障碍的生物易感性的抑郁症患者会在几个月内痊愈并准备好接受治疗吗?我希望这样的事情发生!
某些CBT技术可能对许多类型的精神障碍无效
2009年发表在《华尔街日报》上的一篇具有里程碑意义的评论心理医学，该研究的作者得出结论:(CBT在治疗精神分裂症方面没有价值，对抑郁症的作用有限。作者还得出结论，CBT在预防双相情感障碍的复发方面也无效。