各种维生素和矿物质通过胃肠道被吸收。影响胃肠道的疾病可能会导致这些特殊的维生素和矿物质的缺乏。补充，因此，通常需要以确保次级副作用不发生，因为这些营养缺乏的结果。
适当吸收维生素和矿物质需要三个步骤。首先，肠道需要能够消化这些维生素。第二，维生素需要能够进入肠道内壁。最后，营养物质需要进入血液，才能被分配到身体的适当位置。如果这些步骤中的任何一个被胃肠道疾病进程改变，就会导致维生素/矿物质的缺乏。
维生素A, D, E, K
维生素A、D、E和K被称为脂溶性维生素。任何影响脂肪吸收的东西都会减少这些维生素被身体吸收的量。脂肪从口腔和胃开始吸收。最终，它们在小肠中被处理，并在小肠的最后一部分即回肠中被吸收。影响回肠的疾病尤其是克罗恩氏病如乳糜泻，或手术切除小肠的最后一部分，都可能导致这些维生素的缺乏。
脂溶性维生素缺乏的更重要影响包括:
- 低维生素d导致骨骼脆弱和骨质疏松症。补充经由片剂通常递送。
- 低维生素K会导致出血紊乱和出血过多。
- 缺乏维生素A会导致夜盲症。
维生素B12
维生素B12也被回肠吸收任何影响小肠最后部分的疾病也会导致维生素B12的缺乏。维生素B12不足会导致贫血和严重的神经系统问题。补充剂以药片的形式提供，但更严重的缺乏症通常需要每月注射B12。
铁
铁被小肠的第一部分，十二指肠吸收。影响这部分小肠的胃肠疾病包括克罗恩病和腹腔疾病。缺铁会导致贫血，这可能会变得很严重。有时可能需要输血。缺铁的人需要进行广泛的胃肠检查、妇科检查(女性)和血液学检查，以确保没有重大医疗问题造成缺铁。一旦确诊，补充通常是用药片;然而，有时需要定期向体内注入铁元素，以确保体内有足够的铁元素。
手术
为了帮助纠正肥胖者进行的手术的数量继续显著上升，各种手续与减肥进行帮助。尤其是外科手术，即Roux-en-y胃绕道手术和袖状胃切除术，可导致一些维生素和矿物质的吸收不良，因为手术后胃肠道的解剖结构改变了。终生补充维生素和矿物质对预防缺乏症至关重要。
那些严重的克罗恩病对药物治疗没有反应，可能需要切除部分受克罗恩病影响的小肠。如果小肠吸收营养的部分被切除，就会出现营养不良。
适当摄入维生素和矿物质只是维持足够营养的一个步骤。为了完成吸收维生素和矿物质的过程，完整的肠衣是必要的。任何胃肠道内壁的紊乱都可能导致维生素和矿物质水平的异常，所以应该定期检查血液水平，以确保适当的营养。如果你对你的维生素和矿物质水平有任何担忧，一定要告诉你的医生。