有几种疾病，看起来像GERD但实际上却是独立的疾病。其中一个疾病是嗜酸细胞性食管（EOE）。EoE的是一种过敏性疾病，其中衬食管细胞得到发炎，变得充满白血细胞称为嗜酸性粒细胞。EoE的是病人谁也有其他过敏性疾病，如哮喘，湿疹或花粉症更为常见。
EOE时症状包括：吞咽困难，胸痛或烧心，腹痛，恶心，呕吐和（儿童）未能茁壮成长。这些症状如此密切模仿那些酸反流，它可以是硬而不准确的测试在两个之间进行区分的。
很多时候，患者的EoE通过使用传统的回流药物的发现没有从他们的疼痛减轻。这可能会导致一个医生进行进一步的测试。EoE的是通过在食管组织biopsed和嗜酸性粒细胞测试了范围诊断。现在，这里是最棘手的部分，严重的胃食管反流病也可引起嗜酸性粒细胞增加，但数额往往比那些EoE的少得多。
一旦确诊为EoE的患者通常用酸控制药物作为类固醇吞咽丙酸氟替卡松（处理过1）。类固醇充当抗炎和PPI的帮助愈合酸的损害。然后患者必须确定是什么过敏引起的问题，并消除他们的饮食食物或触发。在EoE的病人严重的情况下可能要依靠营养元素喂食。
最近的研究已位于正在与EoE的增加有关（第5号染色体轨迹2）。定位的基因可以帮助研究人员开发出更多有针对性的治疗，以帮助治疗那些处理这种痛苦的情况。