两者之间没有关系酸回流而胆囊疾病，除了这种疾病能引起相似的症状，因此很难与其他疾病区别开来。
虽然经典的胃酸倒流病会引起胃灼热，但有时它只会引起上腹部疼痛。当疼痛发生时，疼痛通常位于上腹部，即身体中心胸骨下方的区域。典型的胆囊疼痛出现在右上象限，右侧肋骨下方。有时它会辐射到背部或右侧周围，如果胆囊受到感染，可能与发烧有关。如果有胆管受累，可能有黄疸或肝酶升高。在大约50%的胆囊疾病患者中，疼痛可能在上腹部而不是右上象限。如果没有发烧或肝酶异常，这可能很难与胃酸反流疾病区分开来。虽然胆囊超声可以证实胆结石，但这并不意味着症状来自胆结石。
很多时候病人会接受手术切除胆囊，并继续有上腹部疼痛。最终，可能会发现这些症状与酸反流病有关。因此，在胆囊切除前排除胃酸反流病是很重要的，特别是如果没有发烧、黄疸或肝血检测异常，基本上排除了胃酸反流病。大多数患者，在没有这些发现的情况下，应该接受上消化道内窥镜检查，并在胆囊切除前进行酸还原剂（如质子泵抑制剂）的试验治疗。饮食治疗在这两种情况下都可以有益，低脂肪饮食最适合胆囊疾病，无咖啡因饮食，避免饭后平躺最适合胃酸倒流疾病。