弗洛伊德认识到了焦虑的重要性。他是最早提出焦虑是神经症重要组成部分的作家之一。弗洛伊德区分了“客观的”和“神经质的”焦虑。所谓客观，弗洛伊德指的是我们对外界危险或预期伤害的反应。神经性焦虑被认为是自由浮动的，有可能阻碍甚至麻痹行动。弗洛伊德还写过一种焦虑，这种焦虑并非毫无根据，而是相当专注于一个或多个物体或情境。今天，我们认为这些是恐惧症。
弗洛伊德认为焦虑在很大程度上是由性引起的。性的思想和冲动被压抑，然后转化为一些象征性的表现。弗洛伊德认为问题的根源存在于发展的早期阶段。起初，弗洛伊德用催眠术试图揭示早期的创伤经历。后来，他从催眠转向梦境分析和一种叫做“自由联想”的技术。梦的分析基于这样一个概念，即无意识的欲望会以一种象征性的方式在梦中显现出来。弗洛伊德会鼓励回忆梦境，这样他就可以提供一个详细的解释。自由联想指的是一种技术，鼓励患者自由地说出任何出现在他们脑海中的东西，从而揭示出患者可能没有意识到的想法。
精神分析理论可能是从一个案例研究发展而来的，这个案例研究涉及到一个名叫小汉斯的五岁男孩对马的恐惧。弗洛伊德实际上只见过这个小男孩一次，但俄狄浦斯情结、压抑和阉割焦虑等概念的发展被认为是通过小汉斯的经历加以证实的，正如他父亲与弗洛伊德持续通信中所描述的那样。对马的恐惧被解释为对父亲的恐惧和对惩罚的预期，很可能是阉割。弗洛伊德认为马象征着小男孩的俄狄浦斯情结，即他对母亲的性欲和对父亲嫉妒报复的恐惧。也许值得注意的是，小汉斯说，当他看到街上有一匹马倒下时，他开始害怕马。他的恐惧很快就开始了，他的父母也证实了这一点。
许多人对弗洛伊德的观点所存在的问题是，这些观点既不能被证明，也不能被否定。弗洛伊德的方法是将个案研究作为自己自我分析的基础，而这种自我分析似乎也深受他与自己父亲的关系的影响。尽管心理疗法仍被广泛应用，但大多数有执照/特许的心理学家并不认为它是一种选择的治疗方法。精神分析通常被认为是理论丰富，但缺乏科学，事实上，历史学家爱德华·博恩将其描述为前科学。
那么，精神分析没用吗?我不这么想。例如，有一些证据表明，无意识因素会影响焦虑的出现，一些恐惧带有象征意义。也许我们应该感谢弗洛伊德所做的努力发展一个理论以及最终引发广泛智力争论的心理过程的解释。他所认为的局限性也促进了其他方法的发展，这些方法都试图理解、解释并最终帮助治疗心理健康问题。