肉毒杆菌毒素最出名的可能是它的一个品牌，肉毒杆菌素，以及它暂时抚平面部皱纹的能力。现在，美国神经学学会(AAN)也推荐它作为慢性偏头痛的一种治疗方法。四月份，AAN根据最新的科学证据更新了肉毒杆菌毒素的使用指南。
2010年，美国食品和药物管理局批准了onabotulinumtoxinA (Botox)用于每个月偏头痛发作15天或以上的成年人。肉毒杆菌可以帮助缓解头痛症状，并通过阻断神经末梢来减少偏头痛发作。
根据美国头痛学会的说法，要预防慢性偏头痛，需要在前额、鼻梁、太阳穴、上背部、颈部和后脑部位用一根小而锋利的针进行31次注射。
在15个月的时间里，肉毒杆菌每12周注射一次，总共5次治疗，最好由经验丰富的熟练临床医生进行注射。它们可能感觉像针刺，并不特别疼，但肉毒杆菌混合物本身可能会在注射部位造成短暂的灼烧感。注射在医生的办公室进行，大约需要15分钟。副作用可能包括颈部疼痛、僵硬和肌肉无力。
可能需要两种治疗才能看到改善。如果24周后头痛没有减轻，继续治疗也不太可能有任何效果。注射肉毒杆菌可能很昂贵——每次治疗高达3000美元——所以如果你考虑注射肉毒杆菌，在开始治疗之前先向你的健康保险公司了解保险信息。医疗保险和医疗补助计划包括对慢性偏头痛的肉毒杆菌治疗。
AAN提出建议的研究表明，肉毒杆菌素在头痛频率上有小幅改善，但他们没有将肉毒杆菌素与可能同样有效的其他偏头痛药物如普萘洛尔、阿米替林和托吡酯进行比较。
除了推荐用肉毒杆菌毒素治疗偏头痛外，美国眼科学会还推荐用各种形式的肉毒杆菌毒素来帮助控制眼睑痉挛，这是一种运动障碍，会导致无法控制的眨眼或眼睑紧闭;成人的痉挛，常由中风、多发性硬化症或脊髓损伤引起;还有颈肌张力障碍，这种疾病会导致不自觉的、有时疼痛的头部和颈部运动或痉挛。该指南已于2016年5月出版神经学。